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主要栏目有：专家论坛、学术探讨、当代名医、思路与方法、中医药发展园地、方法学与临床评价、临床论著、实验研究、文献研究、临床报道、临证心得、专题笔谈、综述、百家园、标准与规范、学术争鸣、病例讨论、中医教育、海外中医等。
《中国实验方剂学杂志》本着提高为主，提高与普及相结合的办刊方针，交流方剂的药效学、毒理学、药物动力学、药物化学、制剂学、质量分析、配伍研究、临床研究、学术专论以及方剂主要组成药物的研究结果与最新进展。
主要栏目有：专家论坛、学术探讨、当代名医、思路与方法、中医药发展园地、方法学与临床评价、临床论著、实验研究、文献研究、临床报道、临证心得、中医教育、海外中医等。
主要设有论著、临证经验、标准与规范、专题讲座、继续教育、述评、综述、会议述要、研究报告、临床报道、读者·作者·编者、信息窗等栏目。
本刊定位于学术类科技期刊，设有艾滋病研究、肿瘤研究、肺病研究、糖尿病研究、名医研究、理论研究、实验研究、中药研究、生殖医学研究、临床研究、针灸推拿研究、医史文献研究等栏目。
设有分子中医学研究、现代美容医药学研究、 现代性医学研究、论著、实验研究、临床研究、中医论坛、综述与讲座、病例报告、 物理诊断、实验诊断、临床护理、医院管理、健康教育等栏目。
本刊辟有院士论坛、终身教授论着、博士导师新论、中华名医经典、专家论坛、国家项目点击、省级项目平台、地方项目宽带、博士后课题主页、博士课题网络、硕士课题网站、双语在线、探索与发现、证治纵横等30余个栏目
设有论坛、专题报道、专家笔谈、综述、学术探讨、学术争鸣、临床研究、临床用药、药效与毒理学研究、质量分析和工艺研究、合理用药和不良反应、新药研究动态、药政法规、企业之窗、信息、书评等栏目。
设有学术探讨、临床研究进展、中药研究进展、针灸研究进展、基础与临床、制剂研究、实验研究、临床报道等栏目。
主要栏目有：述评、理论探讨、文献研究、国医传承、实验研究、临床研究、药物研究、博硕论坛、临证经验、病例报告、医案医话、思路与方法、医技与护理、教育学研究、海外中医药动态、综述等二十多条。
设有学术探讨、临床研究、方药研究、临床报道、实验研究、医籍探析、综述、 争鸣与商榷等栏目
设有学术探讨、动态与决策、思路与方法、临床第一线、文献综述、名人专访、专家论坛、博士园地、临证医案、专科撤萃、考试指南、杏林采风等栏目。
丝路医药、民族医药、专题笔谈、论著、专家论坛、研究生论坛、实验研究、老中医经验 等栏目
设有学术探讨、发展论坛、经典研究、实验研究、药学研究、临床研究、医史研究、临床报道、临床经验、针灸经络、综述、专题研究、方药纵横等栏目。
设有学术论坛、专家经验、铁涛医话、临床论著、实验研究、中医急症、肝病证治、皮肤病证治、针灸推拿、中西医结合、中医外治、临床报道、医案精华、古方新用、验方介绍、随笔杂谈、病例报告、综述等专栏。
除设有热点述评、经典研读、思路与方法、数据分析等特色栏目外，还设有名家薪传、学术探讨、临床研究、实验研究、综述进展等传统栏目。
设有现代中医、经典论著、基础医学、临床医学、预防医学、病例报告、文献综述、技术革新、护理经验等基础栏目。
设有论坛、进展评述、研究快报、获奖成果介绍、专题笔谈、理论研究、临床研究、 临床报道等栏目。
主要栏目有：论著、实验研究、薪火传承、硕博论坛、针灸探骊、中西医结合、临床研究、医案医话、方药纵横、民族医药、教管论坛、社区医药、护理论坛、科研进展等。
栏目：指南共识、专题笔谈、系统综述、治未病、名医一绝、临床观察、衷中参西、证治辨识、病例报告、实验研究、针推理疗、文献医籍、方药纵横、护理学科、综述、研究生习作等。
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